O ISEC oferece, desde Outubro de 2005, uma licenciatura em Ciências Aeronáuticas, reunindo conteúdos das áreas de engenharia, pilotagem de linha aérea e manutenção aeronáutica. Esta licenciatura nasceu de uma parceria estratégica entre o ISEC e a Gestair Flying Academy (antiga Escola de Aviação Aerocondor). Trata-se da única licenciatura existente na península ibérica, com estas características.
